胃食管反流病有兩大類癥狀，一個是食管內的癥狀，即反酸、燒心，這些癥狀都比較容易判斷。但是食管外的癥狀則不好診斷，是最容易誤診的。食管外的癥狀包括慢性咽喉炎，這原本是耳鼻喉科的疾病，但是現在發現有1/3的久治不愈的慢性咽喉炎和胃食管反流有關。這一類的慢性咽喉炎耳鼻喉科的常規治療，治療效果往往比較差。很多癥狀還是在白天直立位的時候發生，沒有伴隨反酸、燒心癥狀，所以誤診率較高。還有一種容易導致誤診的癥狀就是咳嗽，很多臨床上的慢性咳嗽，有1/3和胃食管反流有關。咳嗽、哮喘等的病人很多都去呼吸科就診，最后檢查卻發現和胃食管反流病相關。